ถึงแม้ว่าการสืบค้นข้อมูลสารสนเทศทางอินเตอร์เน็ตจะมีข้อดีอย่างเห็นได้ชัดมากมายดังกล่าวข้างต้น การสืบค้นข้อมูลสารสนเทศทางอินเตอร์เน็ตก็มีข้อจำกัดหรือข้อเสียอยู่บ้าง ดังนี้

1.   ข้อมูลสารสนเทศที่มีอยู่ในอินเตอร์เน็ตมีความครอบคลุมกว้างขวางมาก มีความหลากหลาย     ไร้พรมแดน จึงทำให้ผู้ใช้ที่ไม่มีทักษะการสืบค้นอาจเกิดปัญหาเนืองจากได้ข้อมูลสารสนเทศที่ไม่ตรงตามความต้องการเป็นจำนวนมากทำให้เสียเวลา

2.  ข้อมูลสารสนเทศบนอินเตอร์เน็ตถูกปรับปรุงแก้ไขได้อย่างรวดเร็ว ทำให้การอ้างอิงเอกสารทำได้ลำบาก เพราะการเข้าไปสืบค้นเอกสารอีกครั้งหนึ่งในวันข้างหน้าเอกสารดังกล่าวอาจจะไม่อยู่แล้วหรือเนื้อหาข้อความอาจถูกปรับเปลี่ยนไปแล้วก็ได้

3.  ข้อมูลสารสนเทศบนอินเตอร์เน็ตที่ได้มาจะต้องตรวจสอบความน่าเชื่อถือของแหล่งข้อมูลที่ได้มาด้วยว่ามีความน่าเชื่อถือมากแค่ไหน